Пропишите данную ситуацию в договоре аренды и детально распишите ответственность за возникновение негативных последствий по этой причине на собственника. О штрафах пусть собственник думает

Уважаемые "коллеги" внимательно читайте ЖК РФ!
Речь идет о нежилом помещении. ЖК не нормирует перепланировки в таком помещении. Для узаконивания перепланировки нужен только кадастровый инженер, выполнивший технический план и зарегистрировавший данный план в кадастровой палате с получением нового кадастрового паспорта с новой планировкой. Если пзроизошло изменение площади общей то еще получение нового свидетельства по новому кадастровому плану. Надписи на плане нежилого помещения о незаконной перепланировки не подпадают не под одну из статей ЖК РФ и следовательно незаконны сами по себе!‌‌‌

Вам надо понять что за перепланировка если реконструкция то объекта уже нет, или если узаканивать реконструкцию, то объекта не будет и договор аренды автоматически теряет силу. Если перепланировка не затрагивает права третьих лиц, потому что если затрагивает эти права то объектом может быть запрещено пользоваться, т.е его органы опечатывают. Если перепланировка и переоборудование простейшая т.е не нарушает права третьих лиц, не изменены границы объекта, не реконструкция, то вы обязаны обязательно внести в договор аренды пункт какая перепланировка произведена с актом обследования от уполномоченного органа, иначе все штрафы на арендатора, включая иск от арендодателя если факт реконструкции и как следствие утрата прав собственности на объект арендодателем.

Штрафом собственнику

Роман, обратите внимание, планируется арендовать НЕЖИЛОЕ помещение,а характер перепланировок и переустройств в нем может быть и легким, не влекущим такие суровые последствия (точно конечно нам это не известно из заданного вопроса)

ст 25 ЖК РФ
1. Переустройство жилого помещения представляет собой установку, замену или перенос инженерных сетей, санитарно-технического, электрического или другого оборудования, требующие внесения изменения в технический паспорт жилого помещения.
2. Перепланировка жилого помещения представляет собой изменение его конфигурации, требующее внесения изменения в технический паспорт жилого помещения.

В случае самовольного переустройства и (или) перепланировки жилого помещения наступают последствия, предусмотренные ст. 29 ЖК РФ:
Если соответствующее жилое помещение не будет приведено в прежнее состояние в указанный в части 3 настоящей статьи срок в установленном органом, осуществляющим согласование, порядке, суд по иску этого органа при условии непринятия решения, предусмотренного частью 4 настоящей статьи, принимает решение:
1) в отношении собственника о продаже с публичных торгов такого жилого помещения с выплатой собственнику вырученных от продажи такого жилого помещения средств за вычетом расходов на исполнение судебного решения с возложением на нового собственника такого жилого помещения обязанности по приведению его в прежнее состояние;
2) в отношении нанимателя такого жилого помещения по договору социального найма о расторжении данного договора с возложением на собственника такого жилого помещения, являвшегося наймодателем по указанному договору, обязанности по приведению такого жилого помещения в прежнее состояние.

Можно заключать договор аренды с условием обязанности арендодателя узаконить перепланировку в срок до ______ (возьмите 6 мес.). Всю ответственность за последствия неузаконенной перепланировки (в т.ч. штрафные санкции) несет арендодатель.

Я соглашусь с Евгением Морозовым.

Алексей, тут совершенно очевидно, что подстраховать себя Вы можете двумя путями:
1) В договоре аренды максимально защищаете свои интересы, описываете текущую ситуацию и прописываете то, что в случае возникновения каких-либо споров и претензий по этой несогласованной перепланировке арендодатель несет полную ответственность.
2) Не арендовать данный объект.
Более конкретные советы дать невозможно, не обладая точной информацией и не видя объекта.

Соглашусь с Юрием. Все оформляете дополнительным соглашением и подробно прописывает все пункты.